凝胶成像系统是，样品在电泳凝胶或者其他载体上的迁移率不一样，以标准品或者其他的替代标准品相比较就会对未知样品作一个定性分析。这个就是图像分析系统定性的基础。根据未知样品在图谱中的位置可以对其作定性分析，就可以确定它的成份和性质。
样品对投射或者反射光有部分的吸收，从而照相所得到的图像上面的样品条带的光密度就会有差异。光密度于样品的浓度或者质量成线性关系。根据未知样品的光密度，通过于已知浓度的样品条带的光密度指相比较就可以得到未知样品的浓度或者质量。这就是图像分析系统定量的基础。采用新技术的紫外透射光源和白光透射光源使光的分布更加均匀，大限度的消除了光密度不均造成的对结果的影响。
凝胶成像使用方法：
： 打开电脑，启动凝胶分析软件，进进用户界面。
**： 打开采集凝胶成像图像的暗箱装置电源开关，放进凝胶，打开紫外光源或白光光源，将采集装置与电脑上采集卡相连，然后选择“文件”菜单中的“图像采集”或工具栏的“图像采集”按钮，出现图像窗口：“开始采集”、“停止采集”、“采集图像”等。假如图像不清楚，可以调节暗箱上的变焦镜，使之清楚。可直接将图像保存起来，也可通过“图像处理”对图像进行旋转、裁剪、滤波、调节对比度……方面的处理。
第三： 对读进的电泳凝胶图像，可以启动电泳凝胶分析系统。在“功能选择”菜单中选择“电泳凝胶”或在工具栏上的“电泳凝胶”工具，将出现泳道分析工具栏，并在“图像显示”子窗口中出现一个红色的矩形框。还可进进“条带分析”系统，对条带 进行编号，对二条以上的条带进行比较。
第四： 采集图像结束后，封闭暗箱电源开关，从暗箱中取出凝胶，并将玻璃板清洗干净。